Идея создания музея, связанного с историей камнерезного дела на Урале, возникла еще в конце XIX века в Уральском обществе любителей естествознания. «Устроить в Екатеринбурге музей ископаемых богатств» страстно желал и знаменитый художник А.К. Денисов-Уральский, предлагая в дар будущему музею богатую коллекцию минералов, оригинальные ювелирные изделия, картины и ценный материал, относящийся к истории изучения Урала. Очень долгое время все предпринимаемые попытки терпели неудачу, оставаясь лишь бумажными проектами.
Реализовать столь востребованную и важную для имиджа города и региона идею музея раритетных и современных художественных изделий из драгоценных и поделочных камней удалось только в 1990-е гг. благодаря деятельности Надежды Петровны Пахомовой — гл. хранителя Свердловского областного краеведческого музея, члена Президиума Свердловского отделения Советского фонда культуры. Музей вырос из программы «Мир камня», разработанной Н.П. Пахомовой. В 1991 г. были заключены первые договора намерений с профильными предприятиями «Русские самоцветы», «Уралкварцсамоцветы», «Ювелиры Урала» и «Завод ОЦМ» с целью поддержки нового музея.
Официально о музее было заявлено 25 мая 1992 г.. Правительством Свердловской области было принято Постановление № 155-пп «О передаче в аренду историко-краеведческому музею здания по ул. Ленина, 37» и Постановлением Главы администрации Свердловской области 08 июля 1992 г. № 135 «О создании музея камнерезного и ювелирного искусства в г. Екатеринбурге».
Приказом № 154 «О создании музея истории камнерезного и ювелирного искусства» от 10 сентября 1992 г. Управлением культуры Свердловской облисполкома было утверждено Положение о музее, штатное расписание и первым директором назначена Н.П. Пахомова. С декабря 1999 г. МИКЮИ стал юридическим лицом, областным государственным учреждением культуры, с утвержденным Правительством Свердловской области уставом. Лицензия на осуществление деятельности музея в Российской Федерации бессрочного действия получена из МК РФ в 2001 г.
12 августа 2011 г. Приказом № 219 Министерства культуры и туризма Свердловской области в связи с реорганизацией бюджетных учреждений согласно Федеральному закону РФ № 83 от 8 мая 2010 г. был утвержден новый Устав музея. Музей стал государственным бюджетным учреждением культуры Свердловской области. Функции учредителя исполняет Министерство культуры и туризма Свердловской области.
Музей истории камнерезного и ювелирного искусства является единственным в России государственным музеем подобного профиля, представляющий столь полную рестроспективу художественого освоения уникальных естественных ресурсов региона, наглядно демонстрируя преемственность традиций обработки цветного камня и металла. Выставочная и методическая работа музея способствует сохранению этой традиции и поддержанию интереса к одной из основных имиджеобразующих отраслей региона.
Музей размещается в самом центре исторической застройки города Екатеринбурга, на территории объекта культурного наследия «Здание аптеки горного ведомства». Арх. Малахов М.П. г. Екатеринбург, пр-т Ленина 37.
Первоначальный компактный объем этого каменного двухэтажного особняка с мезонином в 1894 году был расширен достройкой двух боковых крыльев, к которым по красной линии улицы с обеих сторон примыкает ограда с воротами.
В западной части участка разбит сад, частично сохранившийся. Фасад строго симметричен, четко выявленный ризалит «усилен» мезонином по центральной оси.
Композиция и убранство фасада выдержано в формах классицизма с привлечением отделки «под руст», деталей ордера, медальонов с лепниной. В конце XIX века здание использовалось как жилое, в 1969 году подверглось перестройке. Объект культурного наследия представляет собой один из значительных памятников классицизма в архитектуре.
Сайт музея http://www.stone-cutting.e-burg.ru/index.php?id=istoriya.