Предполагается, что создание музея-заповедника позволит обеспечить сохранение, исследование и популяризацию археологического наследия на территории Краснодарского края. Кроме того, учреждение на юге страны «Фанагории» создаст дополнительные условия для привлечения туристов.
«Основными функциями учреждения будут осуществление просветительской, научно-исследовательской и образовательной деятельности <…> обеспечение сохранности объектов культурного (археологического) наследия», — говорится в справке к документу.
Ранее в 2011 году Владимир Путин, бывший тогда премьер-министром России, заявлял, что не исключает создание музея-заповедника с подводной частью на территории древнего города Фанагория. В августе того же года он совершил погружение с аквалангом на дно залива и поднял на поверхность две амфоры. Этот факт послужил поводом для бурной дискуссии в СМИ и интернете.